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chi-biotech 全基因組甲基化測序


  DNA甲基化是在DNA甲基化轉移酶的作用下將甲基選擇性地添加到胞嘧啶上形成5-甲基化胞嘧啶的過程。全基因組DNA甲基化測序(Whole Genome Bisulfite Sequencing,WGBS)是將重亞硫酸鹽處理方法和高通量測序平臺相結合,對有參考基因組的物種進行全基因組水平的甲基化研究。


       DNA甲基化是表觀遺傳學的重要組成部分,在基因表達調控中具有重要的作用。DNA的甲基化狀態對染色體的結構維持、X染色體失活、基因印記以及胚胎發育、正常細胞功能維持,乃至疾病、癌癥發生都是十分重要的。 


實驗流程


技術參數


樣本類型:基因組DNA,樣本總量≥5 μg,樣本濃度≥100 ng/μL
測序策略:HiSeq PE150,推薦測序深度:30X
項目周期:50個工作日


生物信息分析內容


1、數據質控
2、與參考序列比對
3、C位點覆蓋度統計、比對率統計、測序深度統計
4、甲基化分析
4.1 甲基化水平統計
4.2 全基因組甲基化水平統計
4.3 染色體水平甲基化密度分布
4.4 不同基因組功能元件甲基化分布統計
4.5 CpG,CHG,CHH甲基化比例統計
5、差異甲基化區域分析
5.1 DMR相關基因功能注釋
5.2 DMR相關基因富集分析











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