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chi-biotech 轉錄組測序


  轉錄組作為基因組的功能元件,包括了多種不同類別的分子,如mRNA,miRNA,lncRNA,cirRNA,rRNA,tRNA,piRNA等。每一類分子在生理響應過程中都發揮了重要的作用。理解這些分子的調控對于更好理解功能基因組極為關鍵。通過轉錄組高通量測序技術,比較不同組織、細胞之間的轉錄組層面的表達量變化或結構變異(如cSNP、可變剪接、融合基因等),可以揭示生物學現象或疾病發生的分子機制。


技術參數



樣本
類型

總量&濃度

文庫類型

目標RNA富集方式

推薦數據量

測序策略

項目周期

數字基因表達譜(DGE)

Total 
RNA

基因組DNA

普通轉錄組文庫

Olig dT磁珠調取mRNA

≥3G clean data

HiSeq

PE150

35個工作日

真核轉錄組

m≥30 μg,c≥100 ng/μL

普通轉錄組文庫

Olig dT磁珠調取mRNA

≥8G clean data

HiSeq

PE150

35個工作日

原核轉錄組

PacBio為主,與HiSeq等其他平臺結合

普通轉錄組文庫/鏈特異性文庫

Ribozero試劑盒去除rRNA

≥2G clean data (有參)

≥3G clean data(無參)

HiSeq 

PE150

35個工作日

miRNA

m≥3 μg

c≥200 ng/μL

Small RNA文庫

 

≥10M reads

HiSeq 

SE50

35個工作日

lncRNA

m≥4 μg

c≥120 ng/μL

鏈特異性文庫

Ribozero試劑盒去除rRNA

≥12G clean data

HiSeq

PE150

45個工作日




生物信息分析內容





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