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chi-biotech 宏基因組測序

  宏基因組學 (metagenomics) 是一種以特定環境樣品中的微生物群體基因組為研究對象。通過對環境樣品中的total DNA進行高通量測序,用以研究微生物多樣性、種群結構、進化關系、基因功能等。 



技術路線 


基因組DNA,樣本總量≥3 μg,樣本濃度:≥50 ng/μL
測序策略:HiSeq PE150,推薦測序數據量:5G clean data
項目周期:45-60個工作日



生物信息分析內容


1、數據質控
2、序列組裝
3、基因預測及非冗余基因集構建
4、非冗余基因集功能注釋(Nr注釋、COG功能注釋、KEGG代謝通路注釋等)
5、基于SSU序列或直接基于reads binning物種分類統計
6、基于非冗余基因集或者直接基于reads binning功能構成分類統計
7、基于多樣本物種組成多樣性分析(Alpha多樣性分析、Beta多樣性分析以及LEfSe分析等)
8、優勢物種的基因組獨立分析






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