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chi-biotech 簡化基因組測序


 

2b-RAD是2012年wang等推出基于II B型限制性內切酶的大規模SNP標記開發和分型的技術(Nature Methods(Wang et al, 2012))。該技術克服了RAD-Seq、GBS等技術的缺點,通過基因組酶切產生等長的33-36bp的酶切標簽,標簽富集后測序分析,實現全基因組范圍高通量SNP篩查和分型分析。


技術特點


1、具有極強的靈活性,標簽數目多少可控

2、標簽長度一致,PCR時具有一致的擴增效率

3、標簽具有位置特異性,不依賴于參考序列和組裝結果

4、除可利用共顯性標記SNP之外,還可以利用顯性標記

5、基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型新算法(iML),可有效去除重復序列對分型的干擾,

分型準確率明顯優于目前已有算法,假陽性降低高達20%


技術流程


生物信息分析內容



基礎信息分析

1、數據預處理

2、高質量標簽獲取

3、標簽聚類 

4、基于iML算法的SNP分型

5、標記分離分析

6、遺傳圖譜構建

定制信息分析內容

1、QTL定位(需客戶提供表型數據)

2、遺傳圖譜整合(需客戶提供原圖譜數據)

3、全基因組關聯分析



應用方向


1高密度遺傳圖譜及QTL精細定位

2、群體遺傳學研究

3、群體進化分析

4、全基因組關聯分析


技術參數


樣本類型:基因組DNA,樣本總量≥1 μg, 樣本濃度≥200 ng/μL

基因組標簽平均密度:2kb

標簽平均深度:≥20X

分型準確率:≥95%

測序策略:HiSeq PE150

項目周期:60個工作日



備注:

物種:待測樣品為二倍體生物,對于多倍體物種暫不適用

樣品背景:明確的作圖群體間的親緣關系,檢測子代個體數≥100













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